La gouvernance d’Alp ICT est organisée sur trois niveaux.
Au plan politique, la gouvernance est du ressort de la Conférence des Chefs de Département de l'Économie Publique de Suisse Occidentale regroupant les Cantons de Berne, Fribourg, Vaud, Neuchâtel, Genève, Valais et Jura.
Les Chefs de Département (hauts fonctionnaires) ont pour tâche de fixer la stratégie du cluster et de préparer les budgets.
Enfin, au plan opérationnel, les différentes activités sont arrêtées par un Comité d’experts, composé de membres de tous les cantons dont Alp ICT fait la promotion. Celui-ci est actuellement présidé par le représentant du canton de Genève. De plus, un Secrétariat exécutif est chargé de la gestion du cluster au quotidien. Il est actuellement composé de Didier Mesnier, Secrétaire général et de Barbara Ben Hamadi, assistante marketing.
Le Comité d’experts définit les orientations scientifiques, met en lumière les besoins et les attentes de la région et identifie les projets les plus prometteurs. Il est composé de :
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